突然发现博客已经一年多了

今天在 V2 上看到 Randy 的 帖子,好奇之余,去看了下这位大佬的 GitHub,突然发现了之前使用过的一个评论系统 cusdis,这才突然反应过来,这个博客已经是一年多了,没想到时间过的这么快,近期忙于课程与复习,都忘了这一茬了。

ATAC-Seq 分析流程

ATAC-Seq 技术是"Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput Sequencing"的缩写。 ATAC-Seq 方法依赖于使用高活性转座酶 Tn5 的下一代测序(NGS)文库的构建。将 NGS 接头连接到转座酶上,该转座酶可以使染色质断裂并同时将这些接头整合到开放的染色质区域中。构建的文库通过 NGS 测序,并使用生物信息学分析具有可及或可访问染色质的基因组区域。

TBtools 完成论文复现

文章题为"Identification and expression pattern analysis of the OsSnRK2 gene family in rice"。该文章发表于 Frontiers in Plant Science(中科院二区,IF=5.6,第一作者:Tongyuan Yu,通讯作者:Dawei Xue)。

抛弃 WSL2 使用 scoop 搭建开发环境

之前一直是用 WSL2 来作为开发环境的,博客、数据分析和编程等都在 WSL2 里进行,虽然 WSL2 已经很方便,但是我仍然心里有疙瘩,因为两个原因:Hyper-V 的性能损失和无法自动释放内存/硬盘。

RNA-Seq 上游分析实践

之前那一篇文章主要讲的是一些知识与工具的用法,这次用六组数据进行分析,得到基因表达矩阵。

RNA-Seq 上游分析学习

转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有 RNA 的总和,包括 mRNA 和非编码 RNA。相对于传统的芯片杂交平台,转录组测序无需预先针对已知序列设计探针,即可对任意物种的整体转录活动进行检测,提供更准确的数字化信号、更高的检测通量以及更广泛的检测范围。基于高通量测序平台的转录组测序技术能够全面获得物种特定组织或器官的转录本信息,从而进行基因表达水平研究、新转录本发现研究、转录本结构变异研究等。

使用 Linux 三年以来的感受

转眼间已经是三年过去了,想想 2021 年刚刚来大学,迫不及待地就用了 Linux,当时什么也不懂,什么也不会,可以说是四处碰壁吧,一路跌跌撞撞到现在,算是入门了!

Arch 安装记录

最近微信出新版的原生 Linux 客户端了,加上为了 aur 和 wiki,装上了 ArchLinux。

南方之行结束

考完试之后,家里人已经到了云南,于是我就坐了八个小时高铁去昆明与他们汇合,这一路上去了很多以前没有去过的地方,感觉还是很有意义的。

在宜宾与家人相见

昨天,我的家人自驾从敦煌来到宜宾,记忆中这是我的父母第一次来宜宾,而我的哥哥除了大一开学报道送我过来的时候来过一次之后,这是第二次来宜宾,在这千里之外与家人相见,内心还是比较感慨的。